由於電子選民登記冊系統故障，所有投票站已於8時12分開始轉用正式選民登記冊印刷本發出選票。選舉管理委員會宣布，投票時間將相應地順延至1個半小時至凌晨12時。 截至晚上9時，根據選舉網站「投票站及預計輪候時間」顯示，大部分票站輪候時間少於30分鐘，部分票站要輪候30至60分鐘，少量票站要輪候多於90分鐘，包括灣仔選區中華基督教會公理書院票站、康灣選區港島東體育館票站、黃大仙東選區鳳德社區中心票站、中區選區英華女學校票站等。 選管會表示，電子選民登記冊系統晚上7時42分起出現問題，系統後台數據庫有異常，影響所有票站，間歇性地未能比對數據；選管會15分鐘內未能查明原因，即時啟動後備方案。選管會主席陸啟康說，現階段仍在調查事故原因，暫無證據顯示系統受網絡攻擊。被問到票站在事故後約一小時內已回復正常運作，為何須延長投票時間1.5小時，他解釋，選管會嘗試搶救系統，發現系統有時會「行得慢」，加上以紙本登記或會造成混亂，為確保所有想投票的市民都能投票，及考慮到要傳遞訊息，故決定延長投票時間1.5小時，形容是短時間內最好的應變方案。 陸啟康強調，選管會非政治性組織，投票率並非考慮因素，亦非想推高投票率，重點是確保選舉可以有序公平地進行，認為延長投票時間是合理安排，又說見不到有任何因素會影響選舉的公平性，選舉目前仍有序地進行。至於如何確保早前已投票的市民不會重複投票，陸啟康說，票站系統會記錄所有已取選票的選民，如果有人重複登記取選票必定會知道。
